O crescimento demográfico exponencial, as infraestruturas turísticas e as atividades de produção tem levado à drenagem e à poluição de zonas húmidas, responsáveis pela destruição de numerosos habitats, colocando em risco a riqueza faunística e florística que estes ecossistemas albergam. No fundo, todas as ações e atividades passíveis de provocar alterações significativas nos sistemas aquáticos e ribeirinhos e a sua desnaturalização constituem ameaças às espécies autóctones e endémicas.
Os cursos de água nacionais enfrentam fortes pressões, encontrando-se sujeitos a séria degradação. Situações como as descargas de efluentes industriais ou pecuários, contaminantes dos cursos de água, o aumento inevitável de verões prolongados e com pouca ou nenhuma chuva, colocam enormes ameaças à sobrevivência dos organismos fluviais, nomeadamente do grupo dos peixes. A estas ameaças acresce a presença e proliferação de animais ou plantas de espécies exóticas, invasoras, com efeitos devastadores para as populações nativas.
Considera-se a construção de barragens como a maior ameaça e com elevadíssimos impactes negativos nas espécies de peixes dulçaquícolas, em particular se se considerar todos os impactes provocados desde a sua construção, o que por si só implica a perda de grandes áreas de habitats a montante e a jusante. Acresce a estes impactes o efeito de barreira, provocando a fragmentação e o isolamento de populações das diferentes espécies com consequente descontuidade das populações.
Dentro das espécies de peixes de água-doce presentes nos ecossistemas fluviais portugueses, destacam-se algumas espécies endémicas cuja situação é de elevado risco de ameaça e que tem sido objeto de medidas especiais de conservação: a boga do Oeste (Achondrostoma occidentale), a boga portuguesa (Iberochondrostoma lusitanicum), o escalo do Mira (Squalius torgalensis), o escalo do Arade (Squalius aradensis), a boga do Sudoeste (Iberochondrostoma almacai) e o saramugo (Anaeceprys hispanica).
A Quercus está ativamente a intervir através de medidas minimizadoras que constituem ações no sentido de contrariar as ameaças para estas e outras espécies e intervindo em duas frentes, sendo que numa delas reproduz exemplares destas espécies em cativeiro e efetua ações de repovoamento. Noutras situações em que existem habitats destas espécies muito degradados, realiza ações de recuperação de linhas de água para posterior reintrodução dos espécimes reproduzidos.